Większość naukowców jest zdania, że życie powstało w środowisku wodnym. Prymitywna częstokroć budowa glonów i ich trwało więź ze środowiskiem wodnym nasuwają przypuszczenie, że były one pierwszymi roślinami zielonymi na Ziemi i że od nich pochodzą wszystkie zielone rośliny lądowe. Oczywiście glony wzięły początek od organizmów jeszcze bardziej prymitywnych niż one same. Przypuszcza się, że były to organizmy cudzożywne (heterotroficzne), które odżywiały się substancjami organiczynymi powstałymi bez udziału istot żywych. Proces fotosyntezy związany z obecnością chlorofilu jest tak złożony, że zanim organizmy te włączyły go w swą przemianę materii, upłynął bardzo długi czas. Jak były zbudowane takie pierwsze autotroficzne (samożywne) istoty, nie wiemy; z pewnością budowa, ich była bardzo prosta. Wprawdzie nie mamy dowodów nawet na to, że takie organizmy istniały rzeczywiście, lecz świadectwa możliwości ich istnienia dostarczają nam żyjące dzisiaj pewne samożywne bakterie (bakterie purpurowe i chlorobakterie), u których istnieje proces fotosyntezy, choć przebiega on nieco odmiennie niż u roślin mających chlorofil. Glony, jak już kilkakrotnie wspomniano, stanowią bardzo niejednorodną grupę roślin, w skład której wchodzą różne co do pochodzenia i często bardzo daleko od siebie stojące jednostki systematyczne, o różnych drogach rozwoju. Niektóre grupy mają wspólnych przodków i łączą je dość ścisłe węzły pokrewieństwa, u innych można doszukać się jakichś luźnych wzajemnych powiązań filogenetycznych, a jeszcze inne stanowią bardzo izolowane jednostki, odznaczające się specyficzną ewolucją. Dlatego trudno mówić o pochodzeniu glonów w ogóle, a raczej - o stosunkach panujących w każdej większej grupie tych roślin. W obrębie glonów istnieją dwie grupy należące do dwóch różnych linii ewolucyjnych -jedna wyróżniająca się obecnością pływek, druga -zupełnie pozbawiona stadiów z wiciami. Większość glonów odznacza się obecności obdarzonych ruchem stadiów pływkowych albo istnieją przesłanki wskazu- jące na to, że kiedyś były u nich takie stadia. Z reguły tej wyłamują się tylko sinice i krasnorosty. Sinice mają cały szereg cech wskazujących na ich pierwotność, przede wszystkim bardzo prostą budowę komórki (brak jądra i chromatoforów) i brak procesu płciowego. Sinice i bakterie należą prawdopodobnie do różnych linii ewolucyjnych, pochodzących jednak przypuszczalnie od odległych, lecz wspólnych przodków. Sinice stanowią prawdopodobnie ślepo zakończoną, izolowaną gałąź glonów, z której nie rozwinęły się żadne inne wyżej uorganizowane grupy roślin i która pozostała do dzisiaj na bardzo pierwotnym szczeblu rozwojowym. Niewiadome i zagadkowe jest również pochodzenie krasnorostów. Jest to bardzo stara grupa roślin zarodnikowych, różniąca się zarówno swą morfologią, jak i rozwojem od innych glonów. Niektórzy systematycy dopatrują się w niej pewnych powiązań z sinicami na podstawie takich cech wspólnych, jak: brak stadium pływki, obecność podobnych barwników, podobna struktura plazmodesmów, podobne pod względem chemicznym produkty fotosyntezy i wreszcie pewne podobieństwa morfologiczne między niektórymi sinicami (Tubiella) i krasnorostami (Asterocytiś). Warto również wspomnieć, że i metoda serodiagnostyczna potwierdza pokrewieństwo między tymi obydwiema grupami. Z drugiej jednak strony zasadnicze różnice w strukturze komórki i nadzwyczaj złożony proces płciowy u krasnorostów nie pozwalają na przyjęcie hipotezy istnienia jakichś powiązań filogenetycznych między tymi grupami. Z wielką ostrożnością można by sformułować tylko bardzo warunkowe przypuszczenie, że może kiedyś, w bardzo odległych czasach, obie te grupy miały wspólnych przodków, lecz bardzo wcześnie rozdzieliły się i rozwój każdej z nich poszedł zupełnie inną drogą. Również i próby wyprowadzania krasnorostów z wiciowców roślinnych przez pewne zielenice nie opierają się na mocnych podstawach. Domniemane pokrewieństwo krasnorostów i tych zielenic ma wypływać z podobieństwa lęgni tarczowłosa (Coleochaete) i karpogonu krasnorostów: W rzeczywistości podobieństwo to jest tylko zewnętrzne; włostek krasnorostów pochodzi bowiem z oddzielnej komórki, która połączona była z lęgnią, dowodem czego jest obecność drugiego jądra w tym organie, podczas gdy wydłużona część lęgni u tarczowłosa jest tylko jej wyrostkiem nie zawierającym jądra. Krasnorosty wykazują znacznie więcej cech wspól-nych z workowcami z rzędu Laboulbeniales, u których budowa organów płciowych i gamet, a także przebieg zapłodnienia uderzająco przypominają stosunki panujące u tych glonów. Oczywiście nie można z tego wyciągać daleko idących wniosków, ale nie będzie błędem, jeśli przyjmiemy, że pokrewieństwo między tymi dwiema grupami nie jest miemożliwe. Reszta glonów wywodzi się od przodków wyróżniających się zdolnością ruchu, obdarzonych wiciami i mających postać monady. O ile linia ewolucyjna glonów, której punktem wyjścia są organizmy nieruchome, została zamknięta grupą sinic, o tyle kierunek zapoczątkowany przez ruchliwe organizmy, mające postać monad, doprowadził do wykształcenia wielu różnych grup glonów. Niektóre grupy nie wyszły dotychczas poza stadia pływkowe (np. eugleniny), lecz wiele osiągnęło bardzo wysoki stopień rozwoju plech. Przejście od stopnia monady do postaci nitkowatej połączone było z utratą ruchliwości komórek wegetatywnych. Zdolność ruchu zachowały tylko komórki służące do rozmnażania (gamety, zoospory), choć i tu niekiedy ulegała ona zanikowi (aplanospory). Obecność stadium monady w jakiejś grupie świadczy w każdym razie o pochodzeniu jej przedstawicieli